墨尔本于 1835 年国王威廉四世统治时期建立，当时企业号纵帆船抵达女王码头现址附近。与其他澳大利亚首府城市不同，墨尔本并非起源于官方支持，而是起源于塔斯马尼亚的非土著定居者。

自 1835 年成立以来，该殖民地一直是新南威尔士州的一个省，其事务由新南威尔士州议会管理。随着定居点的扩大，居民对自己事务的更大自治权的要求也越来越高。1842 年 8 月 12 日，根据新南威尔士州州长和立法委员会第 6 维多利亚第 7 号法案，墨尔本被合并为“城镇” 。

1847 年 6 月 25 日，即墨尔本镇成为城镇的五年后，维多利亚女王颁布了专利证书，将墨尔本镇提升为城市地位。该专利还成立了英国圣公会墨尔本教区，并宣布墨尔本为大教堂城市。在镇议会的一次会议上提出了一项动议，将墨尔本的风格和名称从城镇改为城市，法案草案获得批准并转交政府提交立法机关。1849 年 8 月 3 日，维多利亚州第 13 号法案第 14 号最终获得通过，称为“因将墨尔本镇改建为城市而必须改变墨尔本公司的风格和名称的法案”。

根据维多利亚州第 8 号法案第 12 号（1844 年 12 月 19 日）规定，该市最初的边界从埃尔伍德的奥蒙德角延伸至巴克利街和邦特路，到达亚拉河，沿河到达阿伯茨福德的梅里溪，然后沿不伦瑞克向西延伸通往穆尼池塘溪 (Moonee Ponds Creek) 的道路，然后向南经过弗莱明顿大桥 (Flemington Bridge) 到达墨尔本港的王子码头 (Princes Pier)。[5]该法案规定市长有责任在城镇边界线沿线或附近设立“由铁、木头、石头或其他耐用材料制成的永久且显眼的边界标志”——这是由市长詹姆斯·弗雷德里克·帕尔默（James Frederick Palmer）和镇书记约翰·查尔斯·金，1846 年 2 月 4 日。

在 1850 年代，科林伍德 (Collingwood ) 、菲茨罗伊 ( Fitzroy ) 和里士满 ( Richmond ) 与南墨尔本 ( South Melbourne ) 一样，从墨尔本脱离出来 (自 1994 年起，全部成为亚拉市的一部分)，而其他地区则成为邻近的圣基尔达 (St Kilda ) 和墨尔本港(Port Melbourne)区的一部分，不伦瑞克和墨尔本之间的边界向南移动了一个街区至公园街。[5]

1902 年 12 月 18 日，爱德华七世国王授予墨尔本市市长“市长大人”称号。

1905 年 10 月 30 日，墨尔本吞并了两个邻近的议会区域。现在该市包括弗莱明顿和肯辛顿自治市，该自治市于 1882 年从埃森登市分离出来时成立。第二个是北墨尔本镇，以前称为霍瑟姆，成立于 1859 年 9 月 30 日，并于 1874 年 12 月 18 日获得城镇地位。两个市政厅至今仍作为公共建筑使用——前者位于现在附近的肯辛顿。一日纽马基特火车站；后者位于北墨尔本埃罗尔街。

1938 年《墨尔本和吉朗公司法》允许 11 个选区各任命三名议员，并于 1939 年 8 月 24 日举行了大选。

125 年来第一位当选理事会成员的女性是 1967 年的当地商人克莱尔·J·卡斯卡雷特 (Clare J. Cascarret)。据说这次选举花费了她超过 50 万英镑。

根据地方政府咨询委员会 1978 年的建议，枢密院令（1979 年 2 月 27 日，自 1979 年 5 月 19 日起生效）将病房从 11 个减少到 8 个。1980 年 12 月，哈默政府解散了该委员会，并任命了三名专员来确定如何最好地改变边界，以产生更有效的地方政府，特别关注墨尔本的中央商务区及其对国家的重要性，以及就章程、结构、职能和行政管理所需的变更提出建议。然而，1982年，随着约翰·凯恩领导的新工党政府的选举，建立委员会的法案被废除，1982年墨尔本公司（议会选举）法案设立了六个选区，并于1982年12月4日举行了选举三年后，又增设了一个病房。

1993 年至 1996 年间，该市再次由专员以及维多利亚州的每个地方议会领导，同时对所有边界进行了全面审查，议会数量减少了一半以上。

1993年，《墨尔本市法案》对边界进行了具体修改，墨尔本于1993年11月18日获得了南岸和维多利亚艺术中心，并且该市被重新划分为四个区——弗拉格斯塔夫区、大学区、霍德尔区和领地区。2001年，选区被废除，议会由直选的市长和副市长以及其他七名议员组成。2012年，除了市长和副市长之外，议员人数增至9名。

同样在 20 世纪 90 年代，当地政府将城市西侧码头区的控制权交给了维多利亚州政府港区管理局。

2005年，议会宣布在Little Collins Street建造一座新的六星级环保办公楼——Council House 2。

2007 年 7 月 2 日，当 Docklands 郊区重新纳入墨尔本市管辖范围时，墨尔本市的面积几乎扩大了一倍。

2008年7月1日，肯辛顿和北墨尔本的一部分从满利谷市转移到墨尔本市。

2009 年 7 月，市长罗伯特·多伊尔 (Robert Doyle)公布了墨尔本市新的企业形象，耗资 239,558 澳元。

基于理事会对环境问题的长期关注，2019 年 7 月 16 日，理事会投票宣布气候和生物多样性紧急状态，与其他地方做出的类似声明保持一致。

伊丽莎白二世女王陛下去世后，墨尔本市未能将原住民和托雷斯海峡岛民的旗帜降半旗，同时澳大利亚国旗也降半旗致哀，引发了争议并违反了协议。